熒光定量PCR儀器可應用在多個領域，食品安全、水產養殖病害、寵物傳染病、植物病害、科研等，如食品工業鏈條中食品安全生物因素的檢測，對致病微生物檢測、轉基因原料鑒別、摻假摻雜鑒別等；水產養殖病害的檢測，如流行病原的監測、養殖風險因素的控制、產地檢疫、苗種檢疫、親代檢疫等；寵物傳染病檢測，幫助寵物醫生更有效、準確地進行病癥的診斷與治療，節約檢測時間與檢查費用；其優點是檢測快速、準確、操作簡便、可在現場